A szövetség alapjait Takamatsu Toshitsugu rakta le. Magát a szövetséget Hatsumi Masaaki hozta létre. A Bujinkan 1982-ben jött létre, mint igazi szövetség, akkor Bujinkan Ninpo Taijutsu néven. Ezt Hatsumi sensei 1995-ben Bujinkan Budo Taijutsu-ra változtatta.
A szervezet felépítése, akárcsak maga a stílus, meglehetősen kötetlen. A vezetője Hatsumi Masaaki soke. Utána a shihanok és shidoshik következnek. Egy shidoshi tartozhat egy shihan alá is, de közvetlenül Hatsumi sensei alá is. A shihanok és shidoshik alá tartozhatnak shidoshi-ho-k, senseiek és sempaiok is. Vagyis elmondható hogy majdnem minden fokozat alá tetszőleges szinten alatta lévő fokozat közvetlenül csatlakozhat. Sok shihannak vannak kezdő, fehér és zöld öves tanítványai, de fekete övesek is, akiknek vagy van saját dojojuk saját (akár fekete öves) tanítványokkal vagy nincs.
Az
országokban ahol van Bujinkan, vagy van Bujinkan szövetség alakítva, vagy
nincs, mivel a szervezet nem piramis-felépítésű, így nincs rájuk szükség. Az
előbbiekben leírt laza szerkezet miatt a országokban nincsenek kijelölt vezetők
sem, minden dojovezető maga választja meg a tanárát (shidoshi, shihan, vagy ha
elég magas fokozatú akkor maga Hatsumi sensei).
A Bujinkan Ryu, amelyre az utóbbi időkben egyre több hangsúlyt fektet a soke, kilenc ryu-ból áll
össze.
A kilenc stílus:
Gikan Ryu Koppojutsu – az igazság, hűség és igazságosság iskolája
Gyokko Ryu Kosshijutsu – az ékszertigris iskolája
Gyokushin Ryu Ninpo – az ékszerszívek iskolája
Koto Ryu Koppojutsu – a tigris letaglózásának iskolája
Kukishinden Ryu Hikenjutsu – a kilenc isteni démon iskolája
Kumogakure Ryu Ninpo – a felhőkbe rejtett iskola
Shindenfudo Ryu Dakentaijutsu – a megrendíthetetlen szív iskolája
Takagi Yoshin Ryu Jutaijutsu – a magas fa – emelkedett szív iskolája
Togakure Ryu Ninpo – az elrejtett ajtó iskolája